期間兩岸居民被禁止往來長達近40年,中間亦發生數起兩岸間的劫機事件。及後在1980年代中國大陸改革開放,首先引進香港的投資者到內地設廠生產,令中國大陸沿岸地區經濟「先富起來」。
1987年大陸放寬台灣居民以探親名義到中國大陸,兩岸民間的交流漸見繁忙。由於福建省和台灣只隔一水對望,地緣關係使很多台灣人到福建省探望被分隔多年的宗親。

基於當時兩岸仍在意識形態上有重大的分歧,重現三通的機會極微,但實際上兩岸居間在福建沿海和金馬地區早已有經濟上的交往。1992年3月中國福建省提出「兩門對開,兩馬先行」的「小額貿易」構想。
這是由於「兩門」(即大陸的廈門和台灣的金門)和「兩馬」(即大陸的馬尾港和台灣的馬祖)均只是相距咫尺的地方,在此進行小規模的「三通」是可以說是在當時的限制中,帶來有利於兩岸民間發展的辦法。
初步的小額貿易構想,是在馬尾﹑廈門﹑湄洲灣興建供兩岸直航的專用碼頭,在廈門﹑金門兩島間舖設海底電纜,和准許到大陸的台灣人在福州﹑廈門兩機場辦落地簽證。

1994年1月由中國大陸片面地實施《關於對台灣地區小額貿易的管理辦法》,指定福建﹑浙江﹑江蘇﹑上海﹑山東等東南沿海口岸,由台灣居民和大陸對台小額貿易公司進行「小額貿易」,「小額貿易」並不等於一般性的進出口業務。
大陸當局將這種小額貿易定性為非官方的直接貿易和經交流,但台灣當局視之為走私活動。
(2003年3月立法院通過《離島建設條例》)

  • 由金馬愛鄉聯盟提出《金馬與大陸小額貿易說帖》,表達希望能以「單向通航」﹑「定點直航」或「先海後空」﹑「現貨後客」等方式,漸漸進行小額貿易。
  • 兩岸開始進行高雄與福州﹑廈門間的「不通關﹑不入境」的境外通航。
  • 台灣的立法院通過《離島建設條例》第18條,訂明「為促進離島(指澎金馬地區)發展,在台灣本島與大陸地區全面通航之前,得先行試辦金門﹑馬祖﹑澎湖地區與大陸地區通航」(俗稱小額貿易條款),條例於同年4月5日實施。
  • 台灣行政院根據《離島建設條例》通過《試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法》,以作為小額貿易的管理依據。
  • 開始實施,定點定時的貨客運通航。目前有「台灣-金門-大陸」、「台灣-馬祖-大陸」的小額貿易固定航班。